De diaconie is in de Nederlandse protestantse kerken de rechtspersoon van een plaatselijke kerkelijke gemeente, die wordt bestuurd door het College van Diakenen.
Dit college verschaft de diakenen van de middelen om hun ambt uit te oefenen, bijvoorbeeld door mensen die het minder hebben, financieel te ondersteunen.
Het beheer van de diaconie is strikt gescheiden van het beheer van de kerk; het betreft twee verschillende rechtspersonen.
De inkomsten van diaconieën bestaan doorgaans onder andere uit collectes tijdens de kerkdienst bestemd voor de diaconie.
 

Het werk van de diaconie is gebaseerd op het Evangelie volgens Matteüs 25: 35-39

35. Want toen Ik honger had, hebben jullie Mij te eten gegeven. Toen Ik dorst had, hebben jullie Mij te drinken gegeven. Toen Ik een vreemdeling was, hebben jullie Mij in huis genomen. 
36. Toen Ik geen kleren had, hebben jullie Mij kleren gegeven. Toen Ik ziek was, hebben jullie Mij opgezocht. Toen Ik in de gevangenis zat, hebben jullie Mij bezocht.' 
37. Dan zullen ze Hem antwoorden: 'Heer, wanneer had U honger en hebben we U te eten gegeven? Wanneer had U dorst en hebben we U te drinken gegeven? 
38. Wanneer was U een vreemdeling en hebben we U in huis genomen? Wanneer had U geen kleren en hebben we U kleren gegeven? 
39. Wanneer was U ziek of in de gevangenis en hebben we U bezocht?' 



In het verleden richtte de diaconie armenhuizen in voor mensen die buiten hun schuld dakloos waren. Ze speelde ook een rol bij het oprichten van protestantse ziekenhuizen.
Naast het bieden van individuele hulp door diakenen, verstrekken de meeste diaconieën regelmatig giften aan hulpverleningsorganisaties in binnen- en buitenland. De organisatie daarvan ligt voor een groot deel in handen van Kerk in Actie, de (ontwikkelings) hulporganisatie van de Protestantse Kerk in Nederland (PKN).